Ωστόσο, καθώς η ιστορία εξελίσσεται, δημιουργούνται εντάσεις όταν μια επίλεκτη ομάδα γουρουνιών αρχίζει να χειραγωγεί και να εκμεταλλεύεται τους συντρόφους τους. Η σύγκρουση εντείνεται όταν τα γουρούνια, με επικεφαλής τον πονηρό και αυταρχικό κάπρο Ναπολέοντα, αρχίζουν να τροποποιούν τις Επτά Εντολές - τις κατευθυντήριες αρχές της φάρμας - για να εξυπηρετήσουν τα δικά τους συμφέροντα.
Ο Ναπολέων και οι άλλοι χοίροι του αναλαμβάνουν σταδιακά ηγετικούς ρόλους και καθιερώνουν ένα ιεραρχικό σύστημα που τους βάζει πάνω από τα άλλα ζώα. Αυτό οδηγεί σε βαθύ διχασμό μέσα στην κοινότητα των ζώων, καθώς ο Ναπολέων και οι κολλητοί του απολαμβάνουν προνόμια και πολυτέλειες, ενώ τα υπόλοιπα ζώα μοχθούν για τη συντήρηση της φάρμας.
Η σύγκρουση περιστρέφεται γύρω από την επιδίωξη της εξουσίας των γουρουνιών και τον αγώνα των άλλων ζώων να διατηρήσουν τα ιδανικά της αρχικής τους εξέγερσης. Τελικά, η εξερεύνηση των προκλήσεων από την Animal Farm για την προώθηση της αληθινής ισότητας γίνεται κριτική των ολοκληρωτικών κοινωνιών και της διαφθοράς φαινομενικά ευγενών ιδεολογιών.