Η κορύφωση: Οι X-Men, μαζί με τους συμμάχους τους, αντιμετωπίζουν τον Sebastian Shaw και την ομάδα του από μεταλλαγμένους κακούς σε μια τελική αναμέτρηση σε ένα πυρηνικό υποβρύχιο. Ο Erik Lehnsherr (Magneto) αρχικά αναζητά εκδίκηση για τις φρικαλεότητες που διαπράχθηκαν εναντίον μεταλλαγμένων, απειλώντας να χρησιμοποιήσει τους πυρηνικούς πυραύλους του υποβρυχίου για να καταστρέψει τον κόσμο.
Το σημείο καμπής: Ο Τσαρλς Ξαβιέ (Καθηγητής Χ) παρεμβαίνει, κάνοντας έκκληση στην ανθρωπιά του Έρικ και υπενθυμίζοντας του ότι ο πραγματικός τους στόχος είναι να προστατεύσουν τους μεταλλαγμένους και όχι να καταστρέψουν την ανθρωπότητα. Αυτή η στιγμή της σύνδεσης των δύο φίλων αλλάζει το ρεύμα της μάχης.
Η νίκη: Οι X-Men, με τη βοήθεια της Moira MacTaggert, καταφέρνουν να αφοπλίσουν τους πυραύλους και να νικήσουν τον Shaw και την ομάδα του.
Το γλυκόπικρο τέλος: Ενώ έχουν εξασφαλίσει μια προσωρινή νίκη, η ταινία τελειώνει με μια μελαγχολική νότα:
* Η προδοσία του Έρικ: Ο Erik, παρόλο που επηρεάζεται από τα λόγια του Charles, εξακολουθεί να αισθάνεται βαθιά πληγωμένος από τη δίωξη των μεταλλαγμένων και φεύγει για να ξεκινήσει το δικό του μονοπάτι, υποδηλώνοντας μια πιθανή μελλοντική σύγκρουση με τον Charles και τους X-Men.
* Η ενοχή του Καρόλου: Ο Κάρολος μένει συντετριμμένος από την αποχώρηση του Έρικ και κουβαλά το βάρος της δικής του ενοχής για την τραγωδία της κουβανικής κρίσης πυραύλων, την οποία βοήθησε εν αγνοία του να αποφευχθεί, αλλά με κόστος χιλιάδων ζωών.
* Μια νέα εποχή ξεκινά: Η ταινία τελειώνει με το σχηματισμό των X-Men ως μια ομάδα αφιερωμένη στην προστασία τόσο των ανθρώπων όσο και των μεταλλαγμένων, αλλά με μια αίσθηση αβεβαιότητας για το μέλλον και την πιθανή απειλή που δημιουργεί η αυξανόμενη δυσαρέσκεια του Erik Lehnsherr.
Το τέλος αφήνει μια παρατεταμένη ερώτηση: Θα παραμείνουν ο Έρικ και ο Τσαρλς σε αντίπαλες πλευρές ή θα βρουν τρόπο να γεφυρώσουν τις διαφορές τους; Αυτή η ερώτηση θέτει τις βάσεις για το μέλλον του franchise X-Men.