1. Super Junior-K.R.Y.:Αυτή η υπομονάδα αποτελείται από τρία μέλη - Kyuhyun, Ryeowook και Yesung. Είναι γνωστοί για τις ψυχικές μπαλάντες και τα δυνατά φωνητικά τους.
2. Super Junior-T:Αυτή η υποομάδα προωθεί στην Ταϊλάνδη και αποτελείται από μέλη Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin και Eunhyuk. Ερμηνεύουν τραγούδια τόσο στα Ταϊλανδέζικα όσο και στα Κορεάτικα.
3. Super Junior-M:Αυτή η υπομονάδα δραστηριοποιείται κυρίως στην Κίνα και αποτελείται από μέλη Hangeng (πρώην μέλος), Siwon, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun και Zhou Mi. Ερμηνεύουν τραγούδια στα κινέζικα μανδαρίνικα.
4. Super Junior-H:Αυτή η υπομονάδα είναι γνωστή για τη μουσική τους trot. Αποτελείται από μέλη Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin και Eunhyuk. Το Trot είναι ένα παραδοσιακό κορεάτικο είδος μουσικής που χαρακτηρίζεται από το γρήγορο τέμπο και τους αισιόδοξους ρυθμούς του.
5. Super Junior-D&E:Αυτό το δίδυμο αποτελείται από τα μέλη Donghae και Eunhyuk. Είναι γνωστοί για την ελκυστική ηλεκτρονική χορευτική μουσική και τις ενεργητικές τους ερμηνείες.
6. Super Junior-Happy:Αυτή η υπομονάδα χαρακτηρίζεται από τη φωτεινή και χαρούμενη μουσική της. Αποτελείται από μέλη Yesung, Shindong, Sungmin και Leeteuk.
Αυτές οι υποομάδες επιτρέπουν στον Super Junior να εξερευνήσει διάφορα μουσικά στυλ και έννοιες, ενώ προβάλλει τα ταλέντα και τις δυνάμεις διαφορετικών μελών.