Ο θάλαμος βασανιστηρίων βρισκόταν στο υπόγειο του πύργου και αποτελούνταν από μια σειρά από μικρά, σκοτεινά κελιά. Κάθε κελί ήταν εξοπλισμένο με μια ποικιλία συσκευών βασανιστηρίων, όπως ράφια, μαστίγια και βίδες. Οι κρατούμενοι συχνά γδύνονταν γυμνοί και υποβλήθηκαν σε βασανιστήρια για ώρες σε μια προσπάθεια να αποσπάσουν ομολογίες ή πληροφορίες σχετικά με τις θρησκευτικές τους πεποιθήσεις.
Μερικές από τις πιο κοινές μεθόδους βασανιστηρίων που χρησιμοποιούνται στο Torre de la Inquisición περιλαμβάνουν:
- Το ράφι: Ο κρατούμενος ήταν δεμένος σε ένα ξύλινο πλαίσιο και τεντωμένος μέχρι να εξαρθρωθούν οι αρθρώσεις τους.
- Το μαστίγιο: Ο κρατούμενος μαστιγώθηκε με μαστίγιο από δέρμα ή μεταλλικές ράβδους.
- Οι βίδες: Οι αντίχειρες του κρατούμενου συνθλίβονταν ανάμεσα σε δύο μεταλλικές βίδες.
- Η θεραπεία με νερό: Ο κρατούμενος αναγκαζόταν να πιει μεγάλες ποσότητες νερού μέχρι να κάνει εμετό ή να πνιγεί.
- Η φωτιά: Ο κρατούμενος κάηκε με αναμμένα κάρβουνα ή πυρσούς.
Το Torre de la Inquisición ήταν ένα βάναυσο και τρομακτικό μέρος και πολλοί από τους κρατούμενους που βασανίστηκαν εκεί πέθαναν από τα τραύματά τους. Ο θάλαμος βασανιστηρίων έκλεισε τελικά τον 18ο αιώνα, αλλά παραμένει μια ανατριχιαστική υπενθύμιση της σκοτεινής ιστορίας της Ισπανικής Ιεράς Εξέτασης.