Ένα από τα πιο προφανή χαρακτηριστικά του έργου που εγείρει ερωτήματα σχετικά με τη θρησκευτική ανοχή είναι η απεικόνιση του Σάιλοκ, του Εβραίου τοκογλύφου. Ο Σάιλοκ απεικονίζεται ως ένας σκληρός και άπληστος άνδρας που έχει εμμονή με τα χρήματα και ζητά εκδίκηση από τον Αντόνιο, έναν χριστιανό έμπορο που τον αδίκησε. Ενσωματώνει πολλά από τα αρνητικά στερεότυπα που επικρατούσαν για τους Εβραίους την εποχή του Σαίξπηρ και ο χαρακτήρας του έχει συχνά ερμηνευτεί ως αντισημιτικός.
Από την άλλη, υπάρχουν στιγμές στο έργο που αμφισβητούν αυτά τα στερεότυπα και προβληματίζουν την ιδέα της θρησκευτικής προκατάληψης. Για παράδειγμα, ο ίδιος ο Αντόνιο παλεύει με τις δικές του προκαταλήψεις ενάντια στους Εβραίους και η συμπεριφορά του προς τον Σάιλοκ δείχνει ένα μείγμα περιφρόνησης και συμπάθειας. Η Πόρτια, η ηρωίδα του έργου, υποστηρίζει τη σημασία του ελέους και της συγχώρεσης και τελικά πείθει τον Σάιλοκ να δείξει έλεος στον Αντόνιο. Αυτή η σκηνή έχει διαβαστεί από πολλούς κριτικούς ως έκκληση για ανοχή και κατανόηση.
Μια άλλη οπτική για τη στάση του έργου για τη θρησκευτική ανεκτικότητα είναι ότι αντικατοπτρίζει απλώς την κοινωνική και πολιτιστική πραγματικότητα της εποχής του Σαίξπηρ. Ο αντισημιτισμός ήταν βαθιά ενσωματωμένος στη χριστιανική κοινωνία της Ευρώπης και θα ήταν δύσκολο για τον Σαίξπηρ να παρουσιάσει μια πιο ανεκτική άποψη χωρίς να διακινδυνεύσει τη λογοκρισία ή να αποξενώσει το κοινό του. Έτσι, το έργο θα μπορούσε να θεωρηθεί ως προϊόν της εποχής του και όχι ως αντανάκλαση των πεποιθήσεων του ίδιου του Σαίξπηρ.
Συνολικά, ο Έμπορος της Βενετίας είναι ένα πολύπλοκο και αποχρώσεις που προσφέρει πολλαπλές προοπτικές για τη θρησκευτική ανεκτικότητα και τις προκαταλήψεις. Ενώ περιέχει ορισμένα αντισημιτικά στοιχεία, παρουσιάζει επίσης στιγμές συμπόνιας και κατανόησης που περιπλέκουν την ανάγνωση του μηνύματος του έργου. Τελικά, το έργο καλεί το κοινό να αναλογιστεί την πολυπλοκότητα της θρησκευτικής διαφοράς και να εξετάσει κριτικά τις δικές του προκαταλήψεις.