Η ένταση αυξάνεται καθώς ο Τόμας και οι φίλοι του αντιμετωπίζουν τις μεγαλύτερες προκλήσεις τους. Πρέπει να πλοηγηθούν στους ύπουλους διαδρόμους του Λαβύρινθου ενώ καταδιώκονται από τους αμείλικτους Grievers, μηχανικά πλάσματα που περιφέρονται στον Λαβύρινθο και αποτελούν μια θανάσιμη απειλή. Η κορύφωση φτάνει στο αποκορύφωμά της όταν ο Τόμας έρχεται αντιμέτωπος με τη δημιουργό του Λαβύρινθου, Άβα Πέιτζ, και αμφισβητεί την ηθική και τα κίνητρα πίσω από το πείραμα του WCKD.
Μέσα στο χάος και τον κίνδυνο, ο Thomas και οι Gladers αποκαλύπτουν τα μυστικά πίσω από τον Λαβύρινθο και τους λόγους για τον εγκλεισμό τους. Συμβιβάζονται με τις θυσίες που πρέπει να κάνουν για να απελευθερωθούν και να αποκαλύψουν την αλήθεια για τις προθέσεις του WCKD.
Η κορύφωση του Maze Runner σηματοδοτείται από έντονες σεκάνς δράσης, συναισθηματικές αντιπαραθέσεις και αποκαλύψεις που αλλάζουν την πορεία της ιστορίας και θέτουν τις βάσεις για να εκτυλιχθούν τα γεγονότα στα επόμενα βιβλία της σειράς.