* Η δυαδικότητα της ανθρώπινης φύσης: Αυτό είναι το πιο σημαντικό θέμα. Το μυθιστόρημα διερευνά την εγγενή σύγκρουση μεταξύ καλού και κακού μέσα σε κάθε άτομο. Ο Τζέκιλ αντιπροσωπεύει την αξιοσέβαστη, καλοπροαίρετη πλευρά της ανθρώπινης φύσης, ενώ ο Χάιντ ενσαρκώνει τις σκοτεινές, αρχέγονες ορμές που κρύβονται κάτω από την επιφάνεια.
* Οι κίνδυνοι από την καταστολή της αληθινής φύσης κάποιου: Προσπαθώντας να καταστείλει τις πιο σκοτεινές του παρορμήσεις, ο Τζέκιλ τις απελευθερώνει τελικά με τη μορφή του Χάιντ. Η ιστορία υποδηλώνει ότι η άρνηση ή η καταστολή τμημάτων του εαυτού μας μπορεί να είναι καταστροφική.
* Η δύναμη της επιστήμης και η πιθανότητα κακής χρήσης της: Τα πειράματα του Jekyll με τη μεταμόρφωση σε Hyde αντιπροσωπεύουν την ύβρις της επιστήμης, την ιδέα ότι τα ανθρώπινα όντα μπορούν να παίξουν τον Θεό και να παραβιάσουν τη φύση. Η ιστορία προειδοποιεί για την ανεξέλεγκτη αναζήτηση της γνώσης και τις δυνητικά επιβλαβείς συνέπειές της.
* Οι συνέπειες της αμαρτίας και της λύτρωσης: Οι πράξεις του Χάιντ αντιπροσωπεύουν τις συνέπειες της απόλαυσης σε κακές επιθυμίες. Η ιστορία διερευνά επίσης την πιθανότητα λύτρωσης, καθώς ο Τζέκιλ προσπαθεί να εξιλεωθεί για τις πράξεις του και τελικά αντιμετωπίζει τις συνέπειες των επιλογών του.
* Η φύση της ταυτότητας: Η μεταμόρφωση του Τζέκιλ σε Χάιντ εγείρει ερωτήματα σχετικά με τη φύση της ταυτότητας. Η ταυτότητα είναι σταθερή ή ρευστή; Μπορεί κανείς πραγματικά να διαχωρίσει τον εαυτό του από τις πιο σκοτεινές πτυχές της προσωπικότητάς του;
* Κοινωνική υποκρισία και βικτωριανή ηθική: Το μυθιστόρημα κριτικάρει τον άκαμπτο ηθικό κώδικα της βικτωριανής κοινωνίας και την υποκρισία που συχνά τον κρύβει. Η μεταμόρφωση του Τζέκιλ σε Χάιντ αποκαλύπτει τα σκοτεινά υπόγεια ρεύματα που υπάρχουν κάτω από την επιφάνεια μιας φαινομενικά αξιοσέβαστης κοινωνίας.
Αυτά είναι μερικά μόνο από τα κύρια θέματα που εξερευνήθηκαν στο "Dr. Jekyll and Mr. Hyde". Το μυθιστόρημα συνεχίζει να έχει απήχηση στους αναγνώστες επειδή εμβαθύνει σε διαχρονικά ερωτήματα σχετικά με την ανθρώπινη φύση, την ηθική και την περίπλοκη σχέση μεταξύ καλού και κακού.