Σε όλο το τραγούδι, ο Bieber αναφέρεται στην έννοια της προσευχής ως ένα ισχυρό εργαλείο για τη σύνδεση με μια ανώτερη δύναμη και την εύρεση ειρήνης σε περιόδους αβεβαιότητας. Οι στίχοι διερευνούν την ιδέα να προσεγγίσουμε τον Θεό για βοήθεια, παρηγοριά και δύναμη για να ξεπεράσουμε τα εμπόδια.
Το τραγούδι αγγίζει επίσης το θέμα της ανθρώπινης ευπάθειας. Ο Bieber αναγνωρίζει τις δικές του αδυναμίες και το βάρος των αγώνων του, αλλά εκφράζει επίσης μια αίσθηση ελπίδας και πίστης μπροστά στις αντιξοότητες. Οι στίχοι υποδηλώνουν ότι η προσευχή του παρέχει μια αίσθηση εσωτερικής δύναμης και ανθεκτικότητας, επιτρέποντάς του να αντιμετωπίζει τις προκλήσεις με θάρρος και επιμονή.
Συνολικά, το τραγούδι «Pray» μεταφέρει το μήνυμα της αναζήτησης πνευματικής υποστήριξης και καθοδήγησης στις δύσκολες στιγμές και της εύρεσης παρηγοριάς και δύναμης μέσω της προσευχής. Τονίζει τη δύναμη της πίστης και την πεποίθηση ότι η στροφή σε μια ανώτερη δύναμη μπορεί να βοηθήσει τα άτομα να ξεπεράσουν τους προσωπικούς αγώνες και να βρουν ελπίδα μέσα στις προκλήσεις.