Γενική έννοια
Πολλοί πιστεύουν ότι το κομμάτι αφορά την εκμετάλλευση, τον υλισμό, τα χρήματα και την εμπορευματοποίηση της μουσικής και της τέχνης. Οι στίχοι υποδηλώνουν έναν αφηγητή που είναι απογοητευμένος από τις επιφανειακές και εμπορικές πτυχές της κοινωνίας και νιώθει παγιδευμένος από τις προσδοκίες και τις απαιτήσεις που του τίθενται. Το επαναλαμβανόμενο ρεφρέν του τραγουδιού, "Sliver of silver in the sand, pick it up, pick it up," θα μπορούσε να αντιπροσωπεύει την επιθυμία να ανακτήσει κάτι που έχει αξία αλλά τελικά να βρει μόνο το κενό.
Βιβλικές αναφορές
Μερικοί άνθρωποι πιστεύουν ότι το τραγούδι περιέχει θρησκευτικούς συμβολισμούς, ιδιαίτερα από την οπτική γωνία του Ιούδα. Ο εναρκτήριος στίχος «Έχω αυτό το συναίσθημα», θα μπορούσε να αναφέρεται στην ιστορία του Ιησού που προσεύχεται στον Κήπο της Γεθσημανή, όπου ο Ιούδας φτάνει με έναν όχλο στρατιωτών για να συλλάβει τον Ιησού. Το «ασήμι» που αναφέρεται θα μπορούσε να αναφέρεται στα τριάντα ασημένια νομίσματα που έλαβε ο Ιούδας για την προδοσία του Ιησού.
Προσωπικές εμπειρίες
Ο Kurt Cobain, ο τραγουδιστής και τραγουδοποιός του συγκροτήματος, συχνά άντλησε έμπνευση από τη ζωή του και τους προσωπικούς του αγώνες στη μουσική του. Το "Heart-Shaped Box" μπορεί επίσης να αντικατοπτρίζει τις εμπειρίες του ίδιου του Cobain με τον εθισμό στα ναρκωτικά και την κατάθλιψη, καθώς και την πίεση που ένιωθε από τη μουσική βιομηχανία και την προσοχή των μέσων ενημέρωσης.
Η ερμηνεία εξαρτάται από τον ακροατή
Η ομορφιά της τέχνης και της μουσικής είναι ότι η ερμηνεία της είναι ατομική και υποκειμενική. Το απόλυτο μήνυμα του "Heart Shaped Box" είναι ανοιχτό σε ερμηνεία και μπορεί να ποικίλλει ανάλογα με την οπτική και τις εμπειρίες του κάθε ακροατή.