Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ο Yahiko, ο Nagato και ο Konan έγιναν μάρτυρες της φρίκης του πολέμου και αποφάσισαν ότι μια μέρα θα δημιουργήσουν έναν κόσμο χωρίς πόλεμο και πόνο. Σχημάτισαν την Akatsuki, μια οργάνωση αφιερωμένη στην επίτευξη της ειρήνης με κάθε απαραίτητο μέσο.
Αρχικά, οι Akatsuki ήταν μια μικρή οργάνωση που επικεντρωνόταν στη βοήθεια μικρών χωριών και χωρών που είχαν πληγεί από τον πόλεμο. Ωστόσο, καθώς η οργάνωση μεγάλωνε σε ισχύ και επιρροή, άρχισε να προσελκύει την προσοχή των μεγαλύτερων χωριών σινόμπι. Τα χωριά άρχισαν να βλέπουν τους Akatsuki ως απειλή και άρχισαν να αναλαμβάνουν δράση εναντίον της οργάνωσης.
Ως αποτέλεσμα της πίεσης από τα χωριά, τα Akatsuki άρχισαν να αλλάζουν. Έγινε πιο στρατιωτικοποιημένος και άρχισε να επικεντρώνεται στην απόκτηση ισχύος παρά στην επίτευξη ειρήνης. Η οργάνωση άρχισε να στρατολογεί εγκληματίες της τάξης S και γινόταν όλο και πιο αδίστακτος στις μεθόδους της.
Τελικά, το Akatsuki ηττήθηκε από τον Naruto Uzumaki και τους φίλους του και τα μέλη του διασκορπίστηκαν σε όλο τον κόσμο. Ωστόσο, η κληρονομιά των Akatsuki συνεχίζει να ζει και παραμένει σύμβολο των κινδύνων του εξτρεμισμού.