* Έκδοση παιχνιδιού: Διαφορετικά παιχνίδια έχουν διαφορετικά αφεντικά και καμπύλες δυσκολίας.
* Επίπεδο δεξιοτήτων παίκτη: Ένας ικανός παίκτης θα βρει μερικά αφεντικά πιο εύκολα από άλλα, ανεξάρτητα από τη γενική δυσκολία.
* Σύνθεση ομάδας: Τα δυνατά και τα αδύνατα σημεία της ομάδας σας Pokemon θα επηρεάσουν δραστικά τον τρόπο με τον οποίο θα τα καταφέρετε απέναντι σε συγκεκριμένα αφεντικά.
Ωστόσο, ορισμένα αφεντικά αναφέρονται με συνέπεια ως ιδιαίτερα δύσκολες προκλήσεις:
Από την κύρια σειρά (Κόκκινο, Μπλε, Ομάδα διάσωσης κ.λπ.):
* Darkrai (Super Mystery Dungeon): Γνωστό για τις ισχυρές επιθέσεις σκοτεινού τύπου και την ικανότητά του να χειρίζεται το πεδίο της μάχης, το Darkrai είναι μια τρομερή πρόκληση.
* Groudon/Kyogre (Explorers of Time/Darkness/Sky): Αυτά τα θρυλικά Pokemon είναι ισχυρά στους αντίστοιχους τύπους τους και μπορεί να είναι συντριπτικά για απροετοίμαστες ομάδες.
* Mewtwo (Πύλες στο Άπειρο): Το Mewtwo είναι ένα ισχυρό μέντιουμ τύπου Pokemon, γνωστό για την υψηλή του δύναμη επίθεσης και την ικανότητά του να μαθαίνει ένα ευρύ φάσμα κινήσεων.
* Rayquaza (Super Mystery Dungeon): Ένας ισχυρός τύπος δράκου/ιπτάμενου με υψηλά στατιστικά και πρόσβαση σε επιβλαβείς κινήσεις, το Rayquaza είναι ένας σκληρός αντίπαλος ακόμα και για έμπειρους παίκτες.
* Giratina (Super Mystery Dungeon): Αυτό το θρυλικό Pokemon είναι γνωστό για τα υψηλά του στατιστικά και την πρόσβαση σε επιβλαβείς κινήσεις, γεγονός που το καθιστά πρόκληση για πολλούς παίκτες.
Από τα spin-off παιχνίδια (Mystery Dungeon:Rescue Team DX, κ.λπ.):
* The Great King (Rescue Team DX): Αυτό το αφεντικό είναι ένα γιγάντιο, πολυκέφαλο θηρίο με ισχυρές επιθέσεις και μια τεράστια δεξαμενή υγείας, που το καθιστά ένα πραγματικό τεστ αντοχής.
* The Darkness (Rescue Team DX): Αυτό το μυστηριώδες, σκιερό ον είναι ένας τρομερός αντίπαλος που προκαλεί την κατανόηση των μηχανικών του παιχνιδιού από τον παίκτη και απαιτεί μια καλά προετοιμασμένη ομάδα.
Τελικά, το πιο δύσκολο αφεντικό για εσάς θα εξαρτηθεί από την ατομική σας εμπειρία και τον τρόπο παιχνιδιού σας. Ωστόσο, τα αφεντικά που αναφέρονται παραπάνω θεωρούνται γενικά από τα πιο σκληρά της σειράς, προσφέροντας μια πραγματική πρόκληση ακόμη και για έμπειρους παίκτες του Pokemon Mystery Dungeon.