Το Murder on the Orient Express εμβαθύνει στο θέμα της ταυτότητας και της πολυπλοκότητάς της. Το μυθιστόρημα παρουσιάζει αρκετούς χαρακτήρες με διαφορετικά υπόβαθρα, κουλτούρες και ατζέντες, καθένας από τους οποίους κρύβει μια κρυμμένη ταυτότητα ή φέρει μυστικά. Ο Πουαρό, ο ντετέκτιβ, πρέπει να κοιτάξει πέρα από την επιφάνεια για να προσδιορίσει τους αληθινούς χαρακτήρες και τα κίνητρα των επιβατών.
Το θέμα της δικαιοσύνης παίζει επίσης σημαντικό ρόλο στην ιστορία. Ο Πουαρό επιδιώκει όχι μόνο να εξιχνιάσει το έγκλημα αλλά και να εξασφαλίσει την απονομή της δικαιοσύνης. Οι επιβάτες αντιμετωπίζουν ένα ηθικό δίλημμα όταν συγκεντρώνονται για να αποφασίσουν για τη μοίρα του δολοφόνου. Πρέπει να αποφασίσουν εάν θα ακολουθήσουν αυστηρές νομικές διαδικασίες ή αν θα πάρουν την κατάσταση στα χέρια τους για να επιτύχουν ένα αίσθημα δικαιοσύνης που πιστεύουν ότι είναι απαραίτητο.
Το μυθιστόρημα εγείρει ενδιαφέροντα ερωτήματα σχετικά με την πολυπλοκότητα της ανθρώπινης ταυτότητας, την ασάφεια της ηθικής και την αναζήτηση της αλήθειας και της δικαιοσύνης.