Στο Pokémon Crystal, ταξιδεύετε μεταξύ πόλεων και κωμοπόλεων χρησιμοποιώντας διάφορες μεθόδους:
* Περπάτημα: Η πιο κοινή μέθοδος, ειδικά στις αρχές του παιχνιδιού.
* Ποδηλασία: Διαθέσιμο μόλις αποκτήσετε ένα ποδήλατο από το Cycling Road στο Goldenrod City.
* Βάρκα: Χρησιμοποιείται για ταξίδια μεταξύ συγκεκριμένων πόλεων, όπως από το New Bark Town στη Violet City.
* Τρένο: Χρησιμοποιείται για ταξίδια σε ορισμένες πόλεις, όπως από την Πόλη Γκόλντενροντ στην Πόλη του Εκρούτεακ. Αγοράζετε εισιτήρια τρένου για να ταξιδέψετε, αλλά δεν υπάρχει ειδική "σιδηροδρομική κάρτα".
Το παιχνίδι δεν έχει σύστημα σιδηροδρομικών πάσου όπως κάποια μεταγενέστερα παιχνίδια Pokemon, όπως τα Pokemon Diamond, Pearl και Platinum.