Η μπουτίκ σχεδιάστηκε από τον φίλο και καλλιτεχνικό συνεργάτη των Beatles, Simon Posthuma, ο οποίος σχεδίασε επίσης τα εξώφυλλα των άλμπουμ τους και άλλο διαφημιστικό υλικό. Προοριζόταν να είναι ένα κατάστημα λιανικής για εμπορεύματα που σχετίζονται με τους Beatles και άλλους καλλιτέχνες που σχετίζονται με την Apple Records, συμπεριλαμβανομένων ρούχων, αξεσουάρ και οικιακών ειδών.
Το μαγαζί ήταν γνωστό για την πολύχρωμη και ψυχεδελική διακόσμηση του, που αντικατόπτριζε την αισθητική του τέλους της δεκαετίας του 1960. Περιείχε επίσης αντικείμενα σχεδιασμένα από τους ίδιους τους Beatles, όπως μπλουζάκια, κασκόλ και κοσμήματα.
Ωστόσο, η Apple Boutique αντιμετώπισε από την αρχή προκλήσεις, όπως η έλλειψη εμπειρίας διαχείρισης, η κακή διαχείριση της οικονομίας και ο ανταγωνισμός από άλλα καταστήματα. Οι Beatles αντιμετώπισαν επίσης δυσκολίες με τη μίσθωση του ακινήτου και διαφωνίες μεταξύ τους και των συμβούλων τους για την κατεύθυνση του καταστήματος.
Ως αποτέλεσμα, η Apple Boutique έκλεισε τον Αύγουστο του 1968 μετά από μόνο ένα χρόνο λειτουργίας. Οι Beatles υπέστησαν σημαντικές οικονομικές απώλειες από το εγχείρημα και το κλείσιμο του καταστήματος σήμανε το τέλος της άμεσης εμπλοκής τους στη λιανική επιχείρηση.