Ο Johann Pachelbel γεννήθηκε την 1η Σεπτεμβρίου 1653 στη Νυρεμβέργη. Δεν είναι γνωστά πολλά για την παιδική του ηλικία και την εκπαίδευσή του, εκτός από το ότι σπούδασε μουσική υπό τον συνθέτη Heinrich Schwemmer, Kapellmeister στη σχολή St. Sebaldus. Το 1673 γράφτηκε στο Πανεπιστήμιο του Άλτντορφ για να σπουδάσει θεολογία, αλλά τον επόμενο χρόνο δέχτηκε την πρώτη του δουλειά, ως οργανίστας στον καθεδρικό ναό του Αγίου Στεφάνου στη γενέτειρά του.
Όταν ο Schwemmer πέθανε το 1692, η φήμη του Pachelbel ως μουσικού εδραιώθηκε σταθερά και πήρε τη θέση του πρώην δασκάλου του ως Kapellmeister στο St. Sebaldus, έχοντας επίσης την ευθύνη για την εκπαίδευση των χορωδιών από το διπλανό σχολείο. Τρία χρόνια αργότερα δημοσίευσε τον πρώτο από τους οκτώ τόμους των ιερών χορωδιακών έργων, Musikalische Sterbens-Gedancken, που επρόκειτο να είναι η μόνη έντυπη μουσική της ζωής του. Ήταν επίσης αυτό το έτος που ο Pachelbel παντρεύτηκε την Barbara Gabler, κόρη του εμπόρου κρασιού της Νυρεμβέργης Christoph Gabler.
Το 1695, λίγους μήνες αφότου έγινε πατέρας για πρώτη φορά, ο Pachelbel απολύθηκε ξαφνικά από το St. Sebaldus και έφυγε από τη Νυρεμβέργη. Δεν υπάρχουν πληροφορίες για τους λόγους της απότομης απόλυσής του, αλλά ήταν μια τραυματική εμπειρία για τον Pachelbel, καθώς δεν εγκαταστάθηκε ποτέ σε μόνιμη θέση για το υπόλοιπο της καριέρας του.
Μετά από αρκετές στάσεις, η ζωή του Pachelbel σταθεροποιήθηκε το 1699, όταν απέκτησε την περίφημη θέση του οργανίστα και του δασκάλου στην Predigerkirche (Εκκλησία Κηρυκτών) στην Ερφούρτη, όπου επρόκειτο να μείνει για τα επόμενα έντεκα χρόνια. Εκεί όχι μόνο εκπλήρωσε τα καθήκοντα της θέσης του, αλλά συμμετείχε ενεργά στην οργάνωση και απόδοση κοσμικής μουσικής.
Το 1703 η σύζυγος του Pachelbel, Barbara, γέννησε το τελευταίο και μεγαλύτερο από τα επτά παιδιά τους, τον Wilhelm Hieronymus, ο οποίος ακολούθησε τα μουσικά βήματα του πατέρα του και έγινε διαπρεπής οργανίστας και συνθέτης. Όταν ο δούκας του Saxe-Eisenach πέθανε το 1707, ζητήθηκε από τον Pachelbel να συνθέσει μια αναμνηστική καντάτα για την περίσταση, η οποία εκτελέστηκε για πρώτη φορά στις 15 Αυγούστου 1707.
Το 1704, η γυναίκα του Pachelbel πέθανε ξαφνικά, αφήνοντάς τον με επτά μικρά παιδιά να φροντίζει. Η καριέρα του Pachelbel έφτασε στο αποκορύφωμά της κατά τη διάρκεια του 1700, ωστόσο μέχρι το 1705 η ζωή του είχε πάρει μια απροσδόκητη και δυστυχισμένη τροπή όταν η κόρη του Catharina Barbara γέννησε έναν νόθο γιο. Η Catharina Barbara αναγκάστηκε να εγκαταλείψει το σπίτι και έγινε υπηρέτρια στο σπίτι του δούκα του Saxe-Eisenach. Παρά αυτό το περιστατικό, ο Pachelbel παρέμεινε σε καλές σχέσεις με τον Δούκα, ο οποίος του χορήγησε ετήσια σύνταξη που συμπλήρωνε το εισόδημα του οργανοπαίχτη.
Λίγα χρόνια αργότερα ο Pachelbel δέχτηκε μια νέα θέση ως οργανίστας στην Εκκλησία του Αγίου Μιχαήλ στο Αμβούργο. Δεν είχε ξεκινήσει σχεδόν καθόλου τα νέα του καθήκοντα, όταν πέθανε από εγκεφαλικό τον Μάρτιο του 1706, σε ηλικία πενήντα δύο ετών, λίγες μέρες πριν από την πρώτη του επέτειο ως οργανίστας στην Εκκλησία του Αγίου Μιχαήλ.
Σήμερα ο Johann Pachelbel είναι κυρίως γνωστός για τα οργανικά του έργα, ειδικά το χορωδιακό πρελούδιο στο «Vom Himmel hoch da komm ich her» και το Chaconne σε Φ ελάσσονα, και για το Canon και το Gigue σε ρε μείζονα για τρία βιολιά και συνέχεια. Ήταν επίσης διακεκριμένος συνθέτης ιερών και κοσμικών φωνητικών έργων, συμπεριλαμβανομένων περισσότερων από 200 ιερών κοντσέρτων, πολυάριθμων θεμάτων και μοτέτας.