Είναι περισσότερο γνωστός για το ημερολόγιο που κρατούσε μεταξύ 1660 και 1669, το οποίο τώρα αναγνωρίζεται ως μία από τις πιο σημαντικές πρωτογενείς πηγές για την κοινωνική ιστορία της Αγγλίας του 17ου αιώνα.
Γεννημένος σε μέτρια κοινωνική θέση, αλλά με σπουδές στα Κλασικά στο Magdalene College του Cambridge, ο Pepys απολάμβανε την προστασία σημαντικών συγγενών και τις δικές του ικανότητες να ανέβει στη δημόσια διοίκηση.
Έγινε μέλος του Κοινοβουλίου για το Castle Rising και την Ταγγέρη, Ταμίας για την Ταγγέρη, Γραμματέας των Πράξεων του Ναυτικού Συμβουλίου, Γραμματέας του Ναυαρχείου, Πρόεδρος της Βασιλικής Εταιρείας και Master of Trinity House.
Το διάσημο ημερολόγιό του παρέχει πληθώρα πληροφοριών για τον πολιτισμό και την κοινωνία της εποχής του, συμπεριλαμβανομένων αφηγήσεων αυτοπτών μαρτύρων για μερικά από τα σημαντικότερα γεγονότα της περιόδου, συμπεριλαμβανομένης της Μεγάλης Πυρκαγιά του Λονδίνου.
Η καριέρα του Pepys αντικατοπτρίζει επίσης τις σχέσεις του με το δικαστήριο της αποκατάστασης και τις πολιτικές μάχες που έλαβαν χώρα εκείνη την περίοδο.
Μετά το 1669, δεν μπορούσε να συνεχίσει να κρατά το ημερολόγιό του λόγω μειωμένης όρασης.
Αντιμετώπισε επίσης δημόσια κριτική και απομακρύνθηκε από το αξίωμα το 1679 με ψευδή κατηγορία ότι ήταν συμπαθής των Καθολικών.
Αργότερα αθωώθηκε και υπηρέτησε ξανά ως Γραμματέας του Ναυαρχείου από το 1684 έως το 1689, βοηθώντας στην εξασφάλιση του Πολεμικού Ναυτικού για τον Γουίλιαμ του Όραντζ κατά τη διάρκεια της Ένδοξης Επανάστασης.
Ο Pepys πέθανε το 1703, αφήνοντας τη βιβλιοθήκη και τα χειρόγραφά του στο Magdalene College του Cambridge, όπου παραμένουν σήμερα.
Το ημερολόγιό του έχει μεταγραφεί, επιμεληθεί και εκδοθεί σε πολλές εκδόσεις και συνεχίζει να μελετάται και να θαυμάζεται για την ιστορική και λογοτεχνική του αξία.