Συντάγματα του Clarendon: Ο Ερρίκος Β' εξέδωσε ένα σύνολο νόμων γνωστών ως Συντάγματα του Clarendon το 1164. Αυτοί οι νόμοι προσπάθησαν να περιορίσουν την εξουσία και τα προνόμια της Εκκλησίας στην Αγγλία, ιδιαίτερα όσον αφορά τον διορισμό επισκόπων και τη δικαιοδοσία επί των κληρικών που κατηγορούνται για εγκλήματα. Ο Μπέκετ, ως Αρχιεπίσκοπος του Καντέρμπουρυ, αντιτάχθηκε στα Συντάγματα ως παραβίαση της αυτονομίας της Εκκλησίας.
Εκκλησιαστική ασυλία: Ο Ερρίκος Β' ήθελε να διεκδικήσει τον έλεγχό του στους κληρικούς και να τους φέρει στη δικαιοδοσία των βασιλικών δικαστηρίων. Ο Μπέκετ, από την άλλη, πίστευε ότι ο κλήρος έπρεπε να υπόκειται μόνο σε εκκλησιαστικά δικαστήρια, υποστηρίζοντας το δικαίωμα της Εκκλησίας να κυβερνά τις δικές της υποθέσεις.
Διορισμός επισκόπων: Ο Ερρίκος Β' ήθελε να έχει λόγο στον διορισμό των επισκόπων, διασφαλίζοντας ότι ήταν πιστοί σε αυτόν και υποστήριζαν τις πολιτικές του. Ο Μπέκετ επέμεινε ότι η επιλογή των επισκόπων πρέπει να βασίζεται αποκλειστικά στη θρησκευτική αξία, χωρίς βασιλικές παρεμβάσεις.
Σύγκρουση για τη δικαιοδοσία: Η σύγκρουση κλιμακώθηκε όταν ένας υπάλληλος ονόματι Philip de Brois κατηγορήθηκε για έγκλημα και διεκδικήθηκε τόσο από τα βασιλικά δικαστήρια όσο και από το εκκλησιαστικό δικαστήριο. Ο Μπέκετ αρνήθηκε να παραδώσει τον υπάλληλο στις βασιλικές αυλές, με το επιχείρημα ότι παραβίαζε τη δικαιοδοσία της Εκκλησίας.
Η διαφωνία μεταξύ του Ερρίκου Β' και του Μπέκετ συμβόλιζε έναν ευρύτερο αγώνα μεταξύ της μοναρχίας και της Εκκλησίας για τον έλεγχο και την εξουσία. Η σύγκρουση κορυφώθηκε με τη δολοφονία του Τόμας Μπέκετ στον Καθεδρικό Ναό του Καντέρμπουρυ το 1170 από ιππότες πιστούς στον Ερρίκο Β'. Η δολοφονία του Μπέκετ οδήγησε σε σημαντική αντίδραση και τελικά είχε ως αποτέλεσμα τον Ερρίκο Β' να κάνει παραχωρήσεις και να επιβεβαιώσει τα προνόμια και την ανεξαρτησία της Εκκλησίας.