- Οι πειραματικές του μέθοδοι δεν ήταν πάντα αυστηρές. Μερικές φορές βασιζόταν σε ανέκδοτα στοιχεία και δεν έλεγχε πάντα τις μεταβλητές. Αυτό οδήγησε ορισμένα από τα συμπεράσματά του να είναι λανθασμένα.
- Μερικές φορές ήταν πολύ γρήγορος να γενικεύσει από τα πειράματά του. Συχνά έκανε σαρωτικές δηλώσεις βασισμένος σε περιορισμένο αριθμό παρατηρήσεων. Αυτό οδήγησε στην υπεραπλούστευση ορισμένων από τις θεωρίες του.
- Δεν ήταν πάντα ανοιχτός σε νέες ιδέες. Μερικές φορές αντιστέκεται σε νέες θεωρίες που έρχονταν σε αντίθεση με τις δικές του. Αυτό τον εμπόδισε να κάνει κάποιες σημαντικές ανακαλύψεις.
Παρά αυτές τις αδυναμίες, ο Ρόμπερτ Μπόιλ ήταν ένας λαμπρός επιστήμονας που είχε σημαντική συνεισφορά στην επιστήμη. Το έργο του βοήθησε να τεθούν τα θεμέλια για τη σύγχρονη χημεία και φυσική.