Υπάρχουν δύο κύριοι θάλαμοι:
* The Shadow Chamber: Εδώ αντιμετωπίζετε για πρώτη φορά το Shadow Pokémon. Πρέπει να τα πολεμήσεις για να τα εξαγνίσεις.
* The Chamber of Darkness: Αυτή είναι η τελευταία αίθουσα όπου αντιμετωπίζετε το τελευταίο αφεντικό, τον αρχηγό των Shadow Pokémon. Είναι προσβάσιμο μετά την ολοκλήρωση ορισμένων εργασιών και τον καθαρισμό πολλών Shadow Pokémon.
Η ακριβής τοποθεσία μέσα στο Shadow Pokémon Facility δεν προσδιορίζεται στο παιχνίδι, αλλά συνήθως βρίσκεται πιο βαθιά μέσα στην εγκατάσταση αφού προχωρήσετε στην ιστορία.