Το Arsenal Gear είναι ένα τεράστιο υποβρύχιο οπλισμένο με πυρηνικά όπλα. Ελέγχεται από τον Solidus Snake, τον αρχηγό των Sons of Liberty, μιας τρομοκρατικής οργάνωσης. Ο Raiden, ο χαρακτήρας του παίκτη, πρέπει να διεισδύσει στο Arsenal Gear και να σταματήσει τον Solidus από το να χρησιμοποιήσει τα πυρηνικά όπλα.
Η μάχη με το Solidus είναι ένας συναρπαστικός και προκλητικός αγώνας. Ο Solidus είναι ένας ισχυρός αντίπαλος και χρησιμοποιεί μια ποικιλία όπλων και τεχνικών για να νικήσει τον Raiden. Ο Raiden πρέπει να χρησιμοποιήσει όλες τις δεξιότητες και τις ικανότητές του για να νικήσει τον Solidus και να σώσει τον κόσμο.
Η καταστροφή του Arsenal Gear και η τελική μάχη με το Solidus Snake είναι μια αξέχαστη στιγμή γιατί είναι ένα σημείο καμπής στο παιχνίδι. Είναι το σημείο στο οποίο ο Raiden νικά τελικά τους εχθρούς του και σώζει τον κόσμο. Είναι επίσης μια στιγμή μεγάλης κάθαρσης, καθώς ο Ρέιντεν παίρνει τελικά εκδίκηση για τον θάνατο των γονιών του.