Οι στίχοι περιγράφουν ένα ανεμοστρόβιλο ειδύλλιο που στην αρχή φαινόταν τέλειο, αλλά σύντομα αποκάλυψε τη σκοτεινή του πλευρά. Η αφηγήτρια τραγουδά για το πώς ήξερε ότι υπήρχαν κόκκινες σημαίες από την αρχή, αλλά τις αγνόησε λόγω των έντονων συναισθημάτων που είχε για αυτό το άτομο.
Σε όλο το τραγούδι, η Swift χρησιμοποιεί μεταφορική γλώσσα και εικόνες για να μεταφέρει τη συναισθηματική αναταραχή της σχέσης. Συγκρίνει την αγάπη της με μια «βυσσινί κατάρα» και ένα «ναρκωτικό» στο οποίο ήταν εθισμένη, παρόλο που ήξερε ότι ήταν επιβλαβές.
Το ρεφρέν τονίζει τη συνειδητοποίηση της αφηγήτριας ότι βρισκόταν πάνω από το κεφάλι της και ότι έπρεπε να δει το πρόβλημα να έρχεται:«Ήξερα ότι ήσουν πρόβλημα όταν μπήκες μέσα, οπότε ντροπή μου τώρα».
Η γέφυρα του τραγουδιού κορυφώνεται καθώς η αφηγήτρια εκφράζει την απογοήτευση και το θυμό της, εύχεται να μπορούσε να επιστρέψει και να αναιρέσει την απόφασή της να εμπλακεί με αυτό το άτομο. Συνειδητοποιεί ότι άφησε τον εαυτό της να τυφλωθεί από τα συναισθήματά της και πλήρωσε το τίμημα για αυτό.
Το τελευταίο ρεφρέν επαναλαμβάνει το κύριο μήνυμα του τραγουδιού, ενισχύοντας την ιδέα ότι η αφηγήτρια ήξερε ότι η αγάπη της ήταν ταραγμένη, αλλά επέτρεψε στον εαυτό της να εμπλακεί σε αυτό.
Συνολικά, το "I Knew You Were Trouble" χρησιμεύει ως μια προειδοποιητική ιστορία σχετικά με τους κινδύνους από το να αγνοείς τις κόκκινες σημαίες και να δίνεις έντονα συναισθήματα σε μια σχέση, που οδηγεί σε τελική απογοήτευση και μεταμέλεια.