* Ρεξ Γκούντγουιν: Ο αρχηγός των Dark Signers και ο βασικός ανταγωνιστής της σειράς.
* Devack: Ο πρώτος Dark Signer που εμφανίστηκε και πρώην φίλος του Yusei Fudo.
* Roman Goodwin: Ο αδερφός του Rex και ο δεύτερος Dark Signer που εμφανίστηκε.
* Καλίνιν: Ένας Ρώσος Dark Signer που χρησιμοποιεί μια σκοτεινή κάρτα για να χειραγωγήσει τους άλλους.
* Ομίχλη: Μια μυστηριώδης γυναίκα που εμφανίζεται ως η πέμπτη Dark Signer.
* Z-one: Ένα δυνατό ον από το μέλλον που ενορχηστρώνει τα γεγονότα της σειράς. Δεν είναι τεχνικά ένας Dark Signer, αλλά έχει μια ισχυρή σύνδεση μαζί τους.
* Αντινομία: Μια αινιγματική φιγούρα που εμφανίζεται δίπλα στον Z-one, και συνδέεται επίσης με τους Dark Signers.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι ενώ οι Dark Signers είναι οι κύριοι ανταγωνιστές, οι Z-one και Antinomy είναι πιο περίπλοκοι χαρακτήρες με τα δικά τους κίνητρα.