Αποικοδόμηση οργανικών υλικών: Τα μουσικά όργανα και άλλα αντικείμενα που σχετίζονται με τη μουσική, όπως τύμπανα, φλάουτα και κουδουνίστρες, είναι συχνά κατασκευασμένα από οργανικά υλικά που αποσυντίθενται με την πάροδο του χρόνου. Αυτό καθιστά δύσκολη την εύρεση και μελέτη αυτών των αντικειμένων.
Πολιτιστικές αλλαγές και μεταναστεύσεις: Καθώς οι πολιτισμοί εξελίσσονται και μεταναστεύουν, αλλάζουν και οι μουσικές τους παραδόσεις. Αυτό καθιστά δύσκολο τον εντοπισμό της εξέλιξης της μουσικής με την πάροδο του χρόνου, ειδικά όταν υπάρχει έλλειψη γραπτών δίσκων.
Περιορισμοί αρχαιολογικών στοιχείων: Οι αρχαιολογικές ανασκαφές μπορούν να παρέχουν κάποιες γνώσεις για τις μουσικές πρακτικές των πρώιμων πολιτισμών, όπως η ανακάλυψη μουσικών οργάνων ή απεικονίσεις μουσικών στην τέχνη. Ωστόσο, αυτά τα ευρήματα μπορεί να είναι αποσπασματικά και να μην παρέχουν μια πλήρη εικόνα των μουσικών τους παραδόσεων.
Υποκειμενικές ερμηνείες: Κατά την ερμηνεία αρχαιολογικών στοιχείων ή ιστορικών μαρτυριών, οι ερευνητές μπορεί να κάνουν υποκειμενικές κρίσεις σχετικά με το νόημα και τη σημασία αυτών των ευρημάτων. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε διαφορετικές ερμηνείες και διαφωνίες μεταξύ των μελετητών.
Μυστικότητα και αποκλειστικότητα: Ορισμένες μουσικές πρακτικές μπορεί να έχουν κρατηθεί μυστικές ή να έχουν περιοριστεί σε ορισμένες ομάδες ανθρώπων μέσα σε μια κοινωνία, καθιστώντας δύσκολο για τους ξένους να μάθουν γι' αυτές.