* Πιάνο: Έχει αναφερθεί στο να παίζει πιάνο σε συνεντεύξεις του και μάλιστα έχει παίξει σε αυτό σε κάποιους από τους ρόλους του.
* Κιθάρα: Έχει δει να παίζει κιθάρα σε κάποιες από τις τηλεοπτικές του εμφανίσεις, ενώ έχει εμφανιστεί και με συγκρότημα.
* Τύμπανα: Έχει δείξει τις ικανότητές του στο drumming σε λίγες εμφανίσεις.
* Γουκαλίλι: Έχει ένα γιουκαλίλι στο σπίτι του και έχει δείξει ενδιαφέρον να το μάθει.
Ενώ δεν είναι επαγγελματίας μουσικός, ο Neil Patrick Harris φαίνεται να απολαμβάνει να παίζει διάφορα όργανα για διασκέδαση και μάλιστα τα έχει ενσωματώσει στη δουλειά του.