Εδώ είναι μερικές από τις πιο διάσημες συνθέσεις του Μπαχ για κάθε όργανο:
Clavier:
- The Well-Tempered Clavier (δύο σετ πρελούδια και φούγκα και στα 24 μεγάλα και δευτερεύοντα πλήκτρα)
- Παραλλαγές Goldberg
- Γαλλικές σουίτες
- Αγγλικές σουίτες
- Πάρτιτας
- Εφευρέσεις και Sinfonias
Όργανο:
- Τοκάτα και Φούγκα σε ρε ελάσσονα
- Πρελούδιο και Φούγκα σε Μείζονα Μι
- Φαντασία και Φούγκα σε Σολ ελάσσονα
- Passacaglia και Fugue σε ντο ελάσσονα
- Χορωδιακά Πρελούδια
Βιολί:
- Σονάτες και Πάρτιτες για σόλο βιολί
- Κοντσέρτο για διπλό βιολί
- Κοντσέρτα για βιολί Νο 1 και 2
Viola da gamba:
- Έξι Σουίτες για Viola da Gamba
- Σονάτες για Viola da Gamba και τσέμπαλο
τσέλο:
- Έξι σουίτες για βιολοντσέλο
- Κοντσέρτα για βιολοντσέλο Νο 1 και 2
- Σουίτες για Τσέλο
Φλάουτο:
- Σονάτες φλάουτου
- Κοντσέρτα φλάουτου
Όμποε:
- Κοντσέρτα όμποε
- Σονάτες όμποε
Φαγκότο:
- Κοντσέρτο για φαγκότο
- Σονάτες φαγκότου
Τρομπέτα:
- Κοντσέρτο Νο. 2 του Βραδεμβούργου
- Κοντσέρτο τρομπέτας σε Ρε μείζονα
Τρομπόνι:
- Κοντσέρτο Νο. 1 του Βραδεμβούργου
- Χορωδιακά Πρελούδια με Τρομπόνια
Οι συνθέσεις του Μπαχ περιλαμβάνουν επίσης πολυάριθμα φωνητικά έργα, όπως καντάτες, μοτέτες, πάθη και ορατόριο. Μερικά από τα πιο διάσημα φωνητικά του έργα περιλαμβάνουν:
- Άγιος Ματθαίος Πάθος
- Άγιος Ιωάννης Πάθος
- Λειτουργία σε Β ελάσσονα
- Magnificat
- Χριστουγεννιάτικο Ορατόριο
- Πασχαλινό Ορατόριο