Ο Μότσαρτ και ο Σικανέντερ συνεργάστηκαν στενά στη δημιουργία της όπερας. Αρχικά συνέλαβαν το έργο ως μια παραμυθένια όπερα, αλλά με την πάροδο του χρόνου εξελίχθηκε σε ένα πιο σοβαρό και σύνθετο έργο που εξερευνούσε θέματα αγάπης, φιλίας και αναζήτησης σοφίας και φώτισης.
Η μουσική του Μότσαρτ για τον Μαγικό Αυλό χαρακτηρίζεται από την ομορφιά, την ποικιλία και το συναισθηματικό της βάθος. Η όπερα περιέχει ένα ευρύ φάσμα μουσικών αριθμών, όπως άριες, ντουέτα, σύνολα και χορωδίες, καθώς και ορχηστρικά αποσπάσματα που ενισχύουν το δράμα της ιστορίας.
Η επιτυχία του Μαγικού Αυλού εξασφάλισε τη φήμη του Μότσαρτ ως ενός από τους μεγαλύτερους συνθέτες της όπερας. Συνεχίζει να παίζεται τακτικά σε όλο τον κόσμο και θεωρείται ένα από τα αριστουργήματα της οπερατικής λογοτεχνίας.