- Μουσική Ορχήστρας:
- Κοντσέρτα του Βρανδεμβούργου (1721)
- Orchestral Suites (1720-1723)
- Κοντσέρτα για βιολί (1717-1723)
- Μουσική πληκτρολογίου:
- The Well-Tempered Clavier (1722, 1744)
- Παραλλαγές Goldberg (1741)
- Γαλλικές σουίτες (1722-1725)
- Inventions and Sinfonias (1723)
- Οργανική μουσική:
- Toccata και Fugue in D Minor (περίπου 1703-1707)
- Passacaglia και Fugue in C Minor (περίπου 1708)
- Πρελούδιο και Φούγκα σε Σολ μείζονα (περ. 1730-1735)
- Φωνητική μουσική:
- Άγιος Ματθαίος Πάθος (1727)
- St John Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Χριστουγεννιάτικο Ορατόριο (1734-1735)
- Άλλα έργα:
- Das Musikalische Opfer (Η μουσική προσφορά) (1747)
- Η Τέχνη της Φούγκας (περίπου 1749-1750)
- Καντάτες (πάνω από 200)
- Μάζες (6)