Ο Juanes είναι επίσης γνωστός ότι χρησιμοποιεί κιθάρες Gibson και Fender, καθώς και ειδικά κατασκευασμένα όργανα από διάφορους λαουτιέρηδες.
Ακολουθούν μερικές από τις κιθάρες που χρησιμοποιούσε ο Juanes:
* Martin D-28:Αυτή είναι η κύρια ακουστική κιθάρα του Juanes και την έχει χρησιμοποιήσει σε πολλές ηχογραφήσεις και παραστάσεις. Η D-28 είναι μια κιθάρα σε στιλ dreadnought με μασίφ έλατο Sitka και πλάτη και πλαϊνά από μαόνι. Είναι γνωστό για τον ζεστό, γεμάτο ήχο του.
* Martin D-45:Αυτή είναι μια πιο ακριβή και περιορισμένης έκδοσης έκδοση του D-28, με μασίφ έλατο Adirondack και πλάτη και πλαϊνά από ξύλο τριανταφυλλιάς.
* Martin OM-28:Αυτή είναι μια κιθάρα με μικρότερο σώμα από τις D-28 και D-45, με πιο λεπτό ήχο. Ταιριάζει πολύ για το χτύπημα και το χτύπημα.
* Gibson J-45:Αυτή είναι μια κλασική ακουστική κιθάρα από την Gibson, με μασίφ έλατο Sitka και πλάτη και πλαϊνά από μαόνι. Το J-45 έχει έναν ζεστό, δυνατό ήχο που είναι τέλειος για ρυθμική αναπαραγωγή.
* Fender Stratocaster:Αυτή είναι μια κλασική ηλεκτρική κιθάρα από την Fender, με συμπαγές σώμα από σκλήθρα, λαιμό σφενδάμου και τρία πικ-απ με ένα πηνίο. Το Stratocaster είναι γνωστό για τον λαμπερό ήχο του.
Ο Juanes είναι ένας πολύ ικανός κιθαρίστας και είναι σε θέση να πάρει ένα ευρύ φάσμα ήχων από τις κιθάρες του. Είναι μάστορας τόσο της ακουστικής όσο και της ηλεκτρικής κιθάρας και είναι εξίσου άνετος να παίζει lead και ρυθμό.