Ο Petrucci έχει χρησιμοποιήσει τις κιθάρες Ernie Ball Music Man από τις αρχές της δεκαετίας του 1990 και τα μοντέλα του με την υπογραφή του είναι από τις πιο δημοφιλείς κιθάρες στον κόσμο. Τα χαρακτηριστικά του μοντέλα περιλαμβάνουν το John Petrucci Majesty, το John Petrucci BFR και το John Petrucci JPX.
Ibanez
Ο Petrucci χρησιμοποίησε επίσης κιθάρες Ibanez στη δεκαετία του 1980 και στις αρχές της δεκαετίας του 1990. Η πιο διάσημη κιθάρα του Ibanez είναι η Ibanez RG550, την οποία χρησιμοποίησε στα δύο πρώτα άλμπουμ των Dream Theater.
Fender Stratocaster
Ο Petrucci έχει χρησιμοποιήσει επίσης κιθάρες Fender Stratocaster κατά καιρούς, ιδιαίτερα για καθαρούς και bluesy τόνους.