Οι στίχοι του τραγουδιού βασίζονται σε εικόνες που σχετίζονται με την επιστήμη και τον πειραματισμό. Ο πρωταγωνιστής στο τραγούδι απεικονίζεται ως ένας «επιστήμονας» που διεξάγει πειράματα και κάνει παρατηρήσεις σε μια προσπάθεια να κατανοήσει τον κόσμο γύρω τους. Συλλογίζονται ερωτήσεις σχετικά με τη φύση της ύπαρξης, την προέλευση της ζωής και τον σκοπό του σύμπαντος.
Σε όλο το τραγούδι, οι Coldplay τονίζουν τη σημασία της επιμονής και της ανθεκτικότητας στην αναζήτηση της γνώσης. Οι στίχοι υποδηλώνουν ότι ακόμη και όταν αντιμετωπίζετε αποτυχίες και αποτυχίες, είναι σημαντικό να συνεχίσετε να αναζητάτε απαντήσεις και να μην χάνετε ποτέ τον στόχο της κατανόησης του σύμπαντος.
Το "Scientist" εκφράζει επίσης μια αίσθηση θαυμασμού και δέους για την ομορφιά και την πολυπλοκότητα του φυσικού κόσμου. Ο πρωταγωνιστής θαυμάζει την απεραντοσύνη του σύμπαντος, τις περίπλοκες λεπτομέρειες της ζωής και τα μυστήρια που παραμένουν άλυτα. Το τραγούδι ενθαρρύνει τους ακροατές να εκτιμήσουν τα θαύματα του κόσμου και να βρουν έμπνευση στην αναζήτηση της επιστημονικής γνώσης.
Στην ουσία, το «Scientist» των Coldplay γιορτάζει την ανθρώπινη επιθυμία για κατανόηση και μας ενθαρρύνει να εξερευνήσουμε τον κόσμο με μια αίσθηση περιέργειας και απορίας. Λειτουργεί ως υπενθύμιση της σημασίας της επιστήμης και της επιδίωξης της γνώσης στη διαμόρφωση της κατανόησής μας για το σύμπαν και τη θέση μας μέσα σε αυτό.