Τα πρώτα στοιχεία της καρνατικής μουσικής βρίσκονται στις μουσικές παραδόσεις του αρχαίου λαού των Ταμίλ. Οι αρχαίοι Ταμίλ ανέπτυξαν ένα σύστημα μουσικής που ονομαζόταν Tamizh Isai, το οποίο βασίστηκε στην κλίμακα των επτά νότων (Saptha Swaras) και χρησιμοποιούσε διάφορα μουσικά όργανα, συμπεριλαμβανομένου του yazh (ένα έγχορδο όργανο) και το kudam (ένα κρουστό όργανο). Το Tamizh Isai χρησιμοποιήθηκε για θρησκευτικές τελετές και πολιτιστικές παραστάσεις.
Η καρνατική μουσική αναπτύχθηκε αργότερα υπό την επίδραση της ινδουιστικής θρησκείας και την προστασία των κυρίαρχων δυναστειών της Νότιας Ινδίας. Τον 14ο αιώνα, η αυτοκρατορία Vijayanagara εμφανίστηκε ως ένα ισχυρό βασίλειο στη Νότια Ινδία και έγινε ένα σημαντικό κέντρο για την ανάπτυξη της καρνατικής μουσικής. Οι ηγεμόνες της Vijayanagara ήταν μεγάλοι προστάτες της μουσικής και του χορού και ενθάρρυναν την ανάπτυξη των μουσικών σχολών και ιδρυμάτων. Επίσης ανέθεσαν τη σύνθεση πολλών νέων μουσικών έργων, συμπεριλαμβανομένων των kritis, swaras και jathis.
Κατά τον 17ο και 18ο αιώνα, η καρνατική μουσική άκμασε υπό την κυριαρχία της Αυτοκρατορίας Maratha και του Βασιλείου Mysore. Οι ηγεμόνες των Μαραθών ήταν μεγάλοι γνώστες της μουσικής και του χορού και ενθάρρυναν την ανάπτυξη της καρνατικής μουσικής στις αυλές τους. Ο ηγεμόνας του Mysore Krishnaraja Wodeyar III ήταν μεγάλος προστάτης της μουσικής και του χορού και ανέθεσε τη σύνθεση πολλών νέων μουσικών έργων.
Τον 19ο αιώνα, η καρνατική μουσική ήρθε σε επαφή με τη δυτική μουσική λόγω του βρετανικού αποικισμού της Ινδίας. Μερικοί καρνατικοί μουσικοί άρχισαν να ενσωματώνουν δυτικά στοιχεία στη μουσική τους, όπως η χρήση του πιάνου και του βιολιού. Ωστόσο, η καρνατική μουσική διατήρησε τον παραδοσιακό της χαρακτήρα και συνέχισε να βασίζεται στην κλίμακα των επτά νότων και στη χρήση ραγάδων και τάλας.
Σήμερα, η Carnatic μουσική είναι μια ακμάζουσα μορφή τέχνης και εκτελείται από μουσικούς σε όλο τον κόσμο. Θεωρείται ένα από τα πιο εξελιγμένα και πολύπλοκα μουσικά συστήματα στον κόσμο και θαυμάζεται για την ομορφιά του, το συναισθηματικό του βάθος και την πνευματική του σημασία.