Βρέθηκε νεκρή στο γραφείο της στο Greenwich Village της Νέας Υόρκης. Ο θάνατός της κρίθηκε ανθρωποκτονία , ως αποτέλεσμα χειροκίνητου στραγγαλισμού και τραύματος αμβλείας δύναμης στο κεφάλι .
Η υπόθεση αρχικά αντιμετωπίστηκε ως πιθανή αυτοκτονία, αλλά μια μεταγενέστερη έρευνα αποκάλυψε ότι η Shelly είχε δολοφονηθεί από έναν οικοδόμο με το όνομα Diego Pillco .
Ο Pillco, ο οποίος εργαζόταν στο κτίριο όπου βρισκόταν το γραφείο της Shelly, ομολόγησε το έγκλημα και καταδικάστηκε για ανθρωποκτονία από πρόθεση .
Ο θάνατος της Shelly ήταν μια τραγική απώλεια για την κινηματογραφική βιομηχανία και η κληρονομιά της συνεχίζει να εμπνέει τους επίδοξους κινηματογραφιστές.