* The Short-Timers (1990) :Υποδύεται έναν χαρακτήρα που ονομάζεται "The Captain" σε αυτή τη μαύρη κωμωδία για μια ομάδα στρατιωτών που σταθμεύουν στις Φιλιππίνες.
* Dracula του Bram Stoker (1992) :Παίζει το ρόλο του Ρένφιλντ, του ψυχικά διαταραγμένου ασθενή του Κόμη Δράκουλα. Αυτός ήταν ένας πιο σημαντικός ρόλος για εκείνον.
* The Ballad of Little Jo (1993) :Υποδύεται έναν μυστηριώδη χαρακτήρα που ονομάζεται "The Preacher" σε αυτό το δράμα Western.
* Mystery Men (1999) :Έχει έναν καμέο ρόλο ως «The Sweeper» σε αυτή την κωμωδία υπερηρώων.
* Big Fish (2003) :Υποδύεται τη «Μάγισσα» στην ταινία φαντασίας του Τιμ Μπάρτον.
Αξίζει να σημειωθεί ότι ο Tom Waits είναι κυρίως γνωστός για τη μουσική του καριέρα και έχει εμφανιστεί μόνο σε λίγες ταινίες. Έχει την τάση να επιλέγει ρόλους που είναι σκοτεινοί, εκκεντρικοί ή αλλιώς αντισυμβατικοί.