Κύριοι ανταγωνιστές:
* Magneto: Ο πιο εμβληματικός κακός των X-Men, ο Magneto είναι ένας ισχυρός μεταλλαγμένος με την ικανότητα να χειρίζεται τον μαγνητισμό. Πιστεύει ότι τα μεταλλαγμένα είναι ανώτερα από τους ανθρώπους και πρέπει να κυβερνούν τον κόσμο, συχνά συγκρουστικά με το όνειρο του καθηγητή Χ για ειρηνική συνύπαρξη.
* Apocalypse: Ένας ισχυρός, αρχαίος μεταλλαγμένος με την ικανότητα να απορροφά τις δυνάμεις των άλλων, ο Apocalypse επιδιώκει να καθαρίσει τον κόσμο και να δημιουργήσει μια νέα τάξη με τον εαυτό του ως κυβερνήτη.
* Sabertooth: Ένας άγριος και βάναυσος μεταλλαγμένος με ενισχυμένες αισθήσεις, υπεράνθρωπη δύναμη και αναγεννητικές ικανότητες, ο Sabertooth είναι ένας αδυσώπητος θηρευτής και ορκισμένος εχθρός του Wolverine.
* Μυστικισμός: Ένας δεξιοτέχνης της αλλαγής σχήματος και της εξαπάτησης, ο Mystique είναι ένας ικανός κατάσκοπος και δολοφόνος που συχνά επιχειρεί στη σκιά. Έχει μια περίπλοκη σχέση με τους X-Men, άλλοτε ως σύμμαχος και άλλοτε ως αδίστακτος εχθρός.
* Η Αδελφότητα των Μεταλλαγμένων: Μια ομάδα μεταλλαγμένων με επικεφαλής τον Magneto που πιστεύει ότι οι άνθρωποι είναι ο εχθρός και οι μεταλλαγμένοι πρέπει να κυριαρχούν. Αυτή η ομάδα έχει συμπεριλάβει πολλά μέλη όλα αυτά τα χρόνια, συμπεριλαμβανομένων των Toad, Pyro και Blob.
Άλλοι αξιόλογοι αντίπαλοι:
* κ. Μοχθηρό: Ένας λαμπρός αλλά αδίστακτος γενετιστής που έχει εμμονή με το χειρισμό της μεταλλαγμένης εξέλιξης.
* The Juggernaut: Μια ασταμάτητη δύναμη της φύσης με απέραντη δύναμη και άτρωτο.
* Οι Φρουροί: Ισχυρά ρομπότ σχεδιασμένα να κυνηγούν και να καταστρέφουν μεταλλαγμένα.
* The Hellfire Club: Μια αποκλειστική και ισχυρή οργάνωση που επιδιώκει να ελέγξει τις μεταλλαγμένες δυνάμεις για τους δικούς της σκοπούς.
* William Stryker: Ένας στρατιωτικός ηγέτης που πιστεύει ότι τα μεταλλαγμένα αποτελούν απειλή για την ανθρωπότητα και επιδιώκει να τα εξαλείψει.
Οργανισμοί:
* AIM (Advanced Idea Mechanics): Μια επιστημονική οργάνωση που ασχολείται συχνά με την επικίνδυνη τεχνολογία και έχει συγκρουστεί με τους X-Men σε αρκετές περιπτώσεις.
* Ύδρα: Μια παγκόσμια τρομοκρατική οργάνωση με ιστορία που προσπαθεί να ελέγξει μεταλλαγμένες δυνάμεις.
* Οι εξαγνιστές: Μια φανατική ομάδα ανθρώπων που πιστεύουν ότι τα μεταλλαγμένα είναι μάστιγα στον κόσμο.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι οι X-Men έχουν αντιμετωπίσει πολλούς άλλους αντιπάλους σε όλη τη μακρόχρονη ιστορία τους, αλλά αυτοί είναι μερικοί από τους πιο αξιοσημείωτους και επαναλαμβανόμενους εχθρούς. Οι εχθροί των X-Men αντικατοπτρίζουν τα περίπλοκα θέματα της προκατάληψης, του φόβου και του αγώνα για ισότητα που είναι υφασμένα σε όλο το franchise.