Ενισχυτές:Πρόκειται για αλληλουχίες DNA που δεσμεύουν μεταγραφικούς παράγοντες και προάγουν τη μεταγραφή κοντινών γονιδίων. Για παράδειγμα, ο ενισχυτής στον τόπο βαριάς αλυσίδας της ανοσοσφαιρίνης είναι υπεύθυνος για το υψηλό επίπεδο έκφρασης αυτών των γονιδίων στα Β κύτταρα.
Προαγωγείς:Πρόκειται για αλληλουχίες DNA που δεσμεύουν την RNA πολυμεράση και ξεκινούν τη μεταγραφή των γονιδίων. Για παράδειγμα, ο προαγωγέας στο γονίδιο της ανθρώπινης αυξητικής ορμόνης είναι υπεύθυνος για την έκφραση αυτού του γονιδίου στην υπόφυση.
Σιγαστήρες:Πρόκειται για αλληλουχίες DNA που δεσμεύουν μεταγραφικούς παράγοντες και καταστέλλουν τη μεταγραφή των κοντινών γονιδίων. Για παράδειγμα, ο σιγαστήρας στο γονίδιο της ανθρώπινης β-σφαιρίνης είναι υπεύθυνος για την καταστολή αυτού του γονιδίου σε μη ερυθροειδή κύτταρα.
Αλληλουχίες διαδραστικής δράσης:
Παράγοντες μεταγραφής:Πρόκειται για πρωτεΐνες που συνδέονται με αλληλουχίες που δρουν cis και ρυθμίζουν τη μεταγραφή των γονιδίων. Για παράδειγμα, ο παράγοντας μεταγραφής Oct-1 συνδέεται με το μοτίβο οκταμερούς στον ενισχυτή βαριάς αλυσίδας ανοσοσφαιρίνης και προάγει τη μεταγραφή αυτών των γονιδίων στα Β κύτταρα.
RNA πολυμεράση:Αυτό είναι ένα πρωτεϊνικό σύμπλεγμα που συνδέεται με προαγωγείς και μεταγράφει γονίδια σε RNA.
Άλλες ρυθμιστικές πρωτεΐνες:Πρόκειται για πρωτεΐνες που συνδέονται με αλληλουχίες που δρουν cis και ρυθμίζουν τη μεταγραφή των γονιδίων με διάφορους τρόπους. Για παράδειγμα, η πρωτεΐνη CTCF συνδέεται με το μοτίβο CCCTC στο γονίδιο της ανθρώπινης β-σφαιρίνης και βοηθά στην οργάνωση της δομής της χρωματίνης αυτής της περιοχής, η οποία είναι απαραίτητη για την καταστολή του γονιδίου σε μη ερυθροειδή κύτταρα.