* Αθωότητα και άγνοια: Η αφέλεια του Μπρούνο είναι κεντρική στο μυθιστόρημα. Δεν καταλαβαίνει την πραγματική φύση του στρατοπέδου συγκέντρωσης ή τον κίνδυνο που αντιπροσωπεύει. Αυτή η αθωότητα υπογραμμίζει την έντονη αντίθεση μεταξύ του κόσμου του Μπρούνο και της πραγματικότητας του Ολοκαυτώματος.
* Φιλία και Σύνδεση: Η φιλία του Μπρούνο με τον Σμούελ, ένα αγόρι στην άλλη πλευρά του φράχτη, ξεπερνά τα εμπόδια της προκατάληψης και του φόβου. Η σχέση τους δείχνει τη δύναμη της ανθρώπινης σύνδεσης απέναντι στις αντιξοότητες.
* Οι κίνδυνοι της τυφλής υπακοής: Ο πατέρας του Μπρούνο, υψηλόβαθμος αξιωματικός των Ναζί, αντιπροσωπεύει τους κινδύνους της αδιαμφισβήτητης υπακοής στην εξουσία. Είναι συνένοχος στη φρίκη του Ολοκαυτώματος, ακόμα κι αν δεν αντιλαμβάνεται πλήρως το μέγεθός τους.
* Η φύση της προκατάληψης και των διακρίσεων: Το μυθιστόρημα αποκαλύπτει τις καταστροφικές συνέπειες της προκατάληψης και των διακρίσεων. Ο αρχικός φόβος του Μπρούνο για τους «ανθρώπους με τις ριγέ πιτζάμες» προέρχεται από την προπαγάνδα και την παραπληροφόρηση στην οποία έχει εκτεθεί.
* Η δύναμη της ενσυναίσθησης και της συμπόνιας: Παρά τον αρχικό φόβο και την άγνοιά του, ο Bruno αναπτύσσει ενσυναίσθηση για τον Shmuel και τους άλλους κρατούμενους. Αυτή η ενσυναίσθηση αμφισβητεί τις απανθρωπιστικές ιδεολογίες του ναζιστικού καθεστώτος.
* Απώλεια παιδικής ηλικίας: Η απώλεια της αθωότητας του Μπρούνο και το τραύμα που βιώνει αντιπροσωπεύουν την απώλεια της παιδικής ηλικίας που υπέστησαν αμέτρητα παιδιά κατά τη διάρκεια του Ολοκαυτώματος.
* Ο αντίκτυπος του Ολοκαυτώματος στις οικογένειες: Το μυθιστόρημα υπογραμμίζει τον καταστροφικό αντίκτυπο του Ολοκαυτώματος στις οικογένειες, τόσο Εβραίων όσο και μη. Η οικογένεια του Μπρούνο διαλύεται από τον πόλεμο και η οικογένεια του Σμούελ καταστρέφεται από το ναζιστικό καθεστώς.
«Το αγόρι με τις ριγέ πιτζάμες» χρησιμοποιεί την αθώα προοπτική του Μπρούνο για να εκθέσει τις σκοτεινές πραγματικότητες του Ολοκαυτώματος και να εγείρει σημαντικά ερωτήματα σχετικά με την ανθρώπινη φύση, την προκατάληψη και τη δύναμη της ενσυναίσθησης και της συμπόνιας.