Ο Τσαϊκόφσκι πέθανε στις 6 Νοεμβρίου 1893 (25 Οκτωβρίου, σύμφωνα με το παλιό ρωσικό Ιουλιανό ημερολόγιο) από χολέρα, η οποία ήταν μια σοβαρή ανησυχία για τη δημόσια υγεία τότε και θα μπορούσε να εξαπλωθεί γρήγορα εάν το μολυσμένο νερό καταναλωθεί εν αγνοία του. Αν και αυτό μπορεί να φαίνεται «ασυνήθιστο» σε πολλούς σήμερα, τα κρούσματα χολέρας δεν ήταν ιδιαίτερα ασυνήθιστα εκείνη την εποχή.
Εκείνη την εποχή, υπήρχε ξέσπασμα χολέρας γύρω από την Αγία Πετρούπολη (σημερινό Λένινγκραντ στη Ρωσία), όπου διέμενε ο Τσαϊκόφσκι. Δυστυχώς προσβλήθηκε από το βακτήριο, το οποίο επηρέασε σοβαρά την υγεία του για αρκετές ημέρες, συμβάλλοντας τελικά στον θάνατό του.
Για να αποφευχθούν οι εικασίες και οι διαμάχες αργότερα, η διάγνωση από τους γιατρούς ανέφερε μια πιθανή μόλυνση από μολυσμένο νερό ή άβραστο φαγητό που ο Τσαϊκόφσκι μπορεί να είχε καταναλώσει ακούσια. Δεν υπάρχουν ασυνήθιστες θεωρίες για τον θάνατό του, εκτός από την ασθένειά του που οδήγησε στο θάνατο.