Ωστόσο, έχει βιώσει αρκετές εμπειρίες σχεδόν θανάτου και έχει σκοτωθεί σε εναλλακτικά χρονοδιαγράμματα και ιστορίες :
* The Clone Saga (1994-1996): Αυτή η διαβόητη ιστορία είδε τον Spider-Man να πεθαίνει και να αντικαθίσταται από έναν κλώνο, αν και τελικά αποκαλύφθηκε ότι ήταν εξαπάτηση.
* "One More Day" (2007): Σε αυτή την ιστορία, ο Spider-Man κάνει μια συμφωνία με τον Mephisto για να σώσει τη ζωή της θείας May, αλλά με κόστος να διαγράψει τον γάμο του με τη Mary Jane Watson από την ύπαρξη.
* "The Death of Spider-Man" (2004): Αυτή ήταν μια ξεχωριστή συνέχεια, έξω από το κύριο σύμπαν της Marvel, όπου ο Spider-Man σκοτώθηκε από το Green Goblin.
* "Spider-Man:Reign" (2007): Αυτό το μελλοντικό χρονοδιάγραμμα είδε έναν ηλικιωμένο, κουρασμένο Spider-Man να πεθαίνει μετά από μια τελευταία μάχη με το Green Goblin.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι πρόκειται για συγκεκριμένες περιπτώσεις και δεν ισχύουν για το κύριο σύμπαν της Marvel. Ενώ ο Spider-Man έχει αντιμετωπίσει πολλές προκλήσεις και τραγωδίες, συνεχίζει να είναι ένας εμβληματικός ήρωας στο σύμπαν της Marvel.