Ο θάνατός του ήταν αποτέλεσμα εκτέλεσης από εκτελεστικό απόσπασμα , με εντολή της κυβέρνησης των Μπολσεβίκων. Η επίσημη αιτία θανάτου αναφέρθηκε ως «εκτέλεση με πυροβολισμό», αν και υπάρχουν αντικρουόμενες μαρτυρίες και θεωρίες για τις συγκεκριμένες συνθήκες. Ορισμένες μαρτυρίες υποδηλώνουν ότι η οικογένεια πυροβολήθηκε από κοντινή απόσταση, ενώ άλλοι ισχυρίζονται ότι πυροβολήθηκαν αρχικά και στη συνέχεια τελείωσαν με ξιφολόγχες.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι οι συνθήκες γύρω από την εκτέλεση της οικογένειας Romanov εξακολουθούν να συζητούνται και να αμφισβητούνται. Μερικοί ιστορικοί υποστηρίζουν ότι η εκτέλεση ήταν μια απαραίτητη πράξη για να αποτραπεί μια αντεπανάσταση, ενώ άλλοι τη βλέπουν ως μια βάναυση και αδικαιολόγητη δολοφονία. Ανεξάρτητα από την ερμηνεία, η εκτέλεση του Τσάρου και της οικογένειάς του παραμένει ένα σημαντικό ιστορικό γεγονός που συνεχίζει να μελετάται και να συζητείται.