* Οι κίνδυνοι να κρίνουμε από την εμφάνιση: Η ιστορία υπογραμμίζει πόσο εύκολα μπορούμε να παραπλανηθούμε από τις αρχικές εντυπώσεις. Ο αναγνώστης, όπως και η αστυνομία, υποπτεύεται αρχικά τον αθώο Τσαρλς ΜακΚάρθι με βάση την τραχιά εμφάνισή του και το γεγονός ότι καβγάδιζε με τον πατέρα του.
* Η σημασία της αναζήτησης της αλήθειας και της δικαιοσύνης: Η ιστορία τονίζει την ανάγκη να κοιτάξουμε πέρα από τις επιφανειακές κρίσεις και να εμβαθύνουμε στην αλήθεια, όσο άβολο ή άβολο κι αν είναι. Η μεθοδική έρευνα του Χολμς αποκαλύπτει τον πραγματικό ένοχο, δείχνοντας ότι η δικαιοσύνη δεν μπορεί να επιτευχθεί με υποθέσεις.
* Οι συνέπειες της απληστίας και του εγωισμού: Η ιστορία δείχνει πώς η ανεξέλεγκτη απληστία και ο εγωισμός μπορούν να οδηγήσουν σε καταστροφικές συνέπειες. Ο φόνος, οδηγούμενος από την επιθυμία για κληρονομιά, υπογραμμίζει την καταστροφική δύναμη της φιλαργυρίας.
* Η ευθραυστότητα των ανθρώπινων σχέσεων: Η ιστορία εξερευνά τις περίπλοκες και συχνά τεταμένες σχέσεις μεταξύ πατέρων και γιων. Η ένταση μεταξύ του Charles και του πατέρα του, με αποκορύφωμα την τραγωδία, δείχνει την ευπάθεια των οικογενειακών δεσμών.
* Η σημασία της κριτικής σκέψης και της παρατήρησης: Η επιτυχία του Χολμς στην επίλυση του μυστηρίου έγκειται στην ικανότητά του να παρατηρεί σχολαστικά τις λεπτομέρειες και να αναλύει τα στοιχεία. Ενθαρρύνει τον αναγνώστη να σκέφτεται κριτικά και να μην αποδέχεται τα φαινόμενα στην ονομαστική αξία.
Τελικά, το μυστήριο της κοιλάδας Boscombe χρησιμεύει ως υπενθύμιση ότι τα φαινόμενα μπορεί να εξαπατούν και ότι η αληθινή δικαιοσύνη απαιτεί προσεκτική έρευνα και προθυμία να αμφισβητηθούν οι υποθέσεις. Υπογραμμίζει τη σημασία της αναζήτησης αλήθειας και δικαιοσύνης, ακόμη και όταν είναι άβολα, και τις συνέπειες του να επιτρέψουμε στην απληστία και τον εγωισμό να θολώσουν την κρίση μας.