Οι γονείς τους είναι ο Στιβ Φάνινγκ και Heather Joy Arrington .
Πέρα από την άμεση οικογένειά της, η Elle Fanning έχει επίσης μακρινή συγγένεια με τη Susan Sarandon , μέσω της οικογένειας της γιαγιάς της.