Η Ματίλντα αντιμετωπίζει επίσης το πρόβλημα να αντιμετωπίσει την τυραννική διευθύντρια του σχολείου της, τη Μις Τράντσμπουλ, της οποίας οι σκληρές και καταπιεστικές μέθοδοι δημιουργούν ένα εχθρικό περιβάλλον για τους μαθητές. Η Ματίλντα γίνεται αποφασισμένη να σταθεί εναντίον της, χρησιμοποιώντας τις εξαιρετικές διανοητικές της δυνάμεις, συμπεριλαμβανομένης της τηλεκίνησης, για να αποκαλύψει τη σκληρότητα και την ανικανότητα της δεσποινίδας Τράντσμπουλ και να επιφέρει θετικές αλλαγές στο σχολείο.
Ένα άλλο πρόβλημα που αντιμετωπίζει είναι η απονομή δικαιοσύνης για τη Miss Honey, μια καλόκαρδη δασκάλα που της φέρθηκε άσχημα η Miss Trunchbull. Οι προσπάθειες της Matilda να βοηθήσει τη Miss Honey τελικά οδηγούν στην απομάκρυνση της Miss Trunchbull και σε ένα πιο χαρούμενο περιβάλλον για τους μαθητές στο σχολείο.