Τα αποτελέσματα των Geiger και Marsden έδειξαν ότι:
* Τα περισσότερα σωματίδια άλφα πέρασαν κατευθείαν μέσα από το φύλλο χρυσού. Αυτό ήταν σύμφωνο με το μοντέλο της πουτίγκας δαμάσκηνου, καθώς το θετικό φορτίο θεωρήθηκε ότι εξαπλώθηκε σε όλο το άτομο.
* Ένα μικρό κλάσμα σωματιδίων άλφα εκτράπηκε σε μεγάλες γωνίες, μερικά μάλιστα διασκορπίστηκαν πίσω προς την πηγή. Αυτό ήταν εντελώς απροσδόκητο και δεν μπορούσε να εξηγηθεί από το μοντέλο της πουτίγκας δαμάσκηνου.
Αυτά τα απροσδόκητα αποτελέσματα οδήγησαν στην ανάπτυξη ενός νέου μοντέλου του ατόμου από τον Ernest Rutherford το 1911. Πρότεινε το πυρηνικό μοντέλο , που πρότεινε ότι:
* Το άτομο έχει έναν μικρό, πυκνό, θετικά φορτισμένο πυρήνα στο κέντρο του. Αυτός ο πυρήνας είναι υπεύθυνος για το μεγαλύτερο μέρος της μάζας του ατόμου.
* Τα αρνητικά φορτισμένα ηλεκτρόνια περιφέρονται γύρω από τον πυρήνα με τρόπο που μοιάζει με σύννεφο.
Το πυρηνικό μοντέλο εξήγησε με επιτυχία τα αποτελέσματα του πειράματος των Geiger και Marsden. Οι μεγάλες παραμορφώσεις που παρατηρήθηκαν προκλήθηκαν από τα σωματίδια άλφα που συγκρούονται με τον θετικά φορτισμένο πυρήνα, ενώ η πλειονότητα των σωματιδίων διήλθε επειδή το άτομο είναι ως επί το πλείστον κενός χώρος.
Επομένως, το πυρηνικό μοντέλο του ατόμου υποστηρίζεται από τα αποτελέσματα των Geiger και Marsden.