1. Η σύγκρουση με τον εξωτερικό κόσμο: Ο Σαντιάγο αντιμετωπίζει διάφορα εξωτερικά εμπόδια σε όλη τη διάρκεια του ταξιδιού του. Αυτά περιλαμβάνουν:
* Οι κίνδυνοι της ερήμου: Συναντά τους κλέφτες, τον σκληρό καιρό και τη συνεχή απειλή της αφυδάτωσης και της πείνας.
* Οι πολιτισμικές διαφορές και προκαταλήψεις: Αντιμετωπίζει καχυποψία και δυσπιστία από ανθρώπους διαφορετικών πολιτισμών και καταγωγής, ιδιαίτερα στην έρημο.
* Η πρόκληση να ξεπεράσει τους δικούς του φόβους και ανασφάλειες: Αυτό περιλαμβάνει τον φόβο του να χάσει τα πάντα, τις αμφιβολίες του για τις δικές του ικανότητες και την πίεση των κοινωνικών προσδοκιών.
2. Η σύγκρουση με τον εσωτερικό του εαυτό: Ο Σαντιάγο βιώνει μια σημαντική εσωτερική πάλη καθ' όλη τη διάρκεια του ταξιδιού του, παλεύοντας με:
* Οι αμφιβολίες και οι φόβοι του: Αμφισβητεί τις δικές του ικανότητες και την εγκυρότητα του ονείρου του, ενδίδοντας συχνά στον φόβο και την αναβλητικότητα.
* Ο πειρασμός της άνεσης και της ασφάλειας: Μπαίνει στον πειρασμό να εγκαταλείψει το ταξίδι του και να επιστρέψει στη γνώριμη ζωή του, θυσιάζοντας το όνειρό του για μια άνετη ύπαρξη.
* Ο αγώνας για να διατηρήσει την πίστη του: Ο Σαντιάγο πρέπει συνεχώς να υπενθυμίζει στον εαυτό του την πίστη του στον Προσωπικό Θρύλο και να ξεπερνά τον σκεπτικισμό και την αρνητικότητα που προκύπτουν από τη δική του εσωτερική φωνή και τον κόσμο γύρω του.
Αυτές οι συγκρούσεις, εξωτερικές και εσωτερικές, συμπλέκονται και συμβάλλουν στο συνολικό θέμα του βιβλίου, που είναι η σημασία του να ακολουθεί κανείς τα όνειρά του και να αγκαλιάζει το ταξίδι της αυτοανακάλυψης.