Η ακριβής αιτία του θανάτου του είναι άγνωστη, αλλά πιστεύεται ότι ήταν καρδιακή προσβολή Λόγω των σκληρών συνθηκών, διαρκούσε. Βρέθηκε νεκρός κοντά στη σκηνή του και το σώμα του ήταν θαμμένο κάτω από ένα χιόνι.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η θεωρία του Wegener για την Continental Drift, την οποία πρότεινε το 1912, δεν έγινε ευρέως αποδεκτή κατά τη διάρκεια της ζωής του. Πέθανε ένας σχετικά άγνωστος επιστήμονας, αλλά η πρωτοποριακή του θεωρία αποδείχθηκε τελικά σωστή και τώρα θεωρείται μία από τις σημαντικότερες προσωπικότητες στην ιστορία της γεωλογίας.