Το 1989, ο Κρίστιαν Μπράντο μπήκε σε δικαστήριο του Λος Άντζελες για να αντιμετωπίσει μια κατηγορία για φόνο. Δικάστηκε και καταδικάστηκε για τον ξυλοδαρμό του Dag Drollet μέχρι θανάτου το 1990 και καταδικάστηκε σε 10 χρόνια φυλάκιση. Ο Ντρόλλετ ήταν το αγόρι της ετεροθαλούς αδερφής του Μπράντο, Τσεγιέν.
Μετά την καταδίκη για φόνο, η ζωή του Μπράντο συνέχισε να κινείται προς τα κάτω στην κατάχρηση ναρκωτικών και την αυτοκαταστροφή. Παρέμεινε έγκλειστος μέχρι το 1996, όταν αποφυλακίστηκε πρόωρα αφού εξέτισε λιγότερο από το ήμισυ της ποινής 10 ετών.
Τον Ιανουάριο του 2005, ο Μπράντο συνελήφθη ξανά, αυτή τη φορά επειδή φέρεται να έκλεψε κοσμήματα αξίας 2 εκατομμυρίων δολαρίων από τη μητέρα του. Οι κατηγορίες εναντίον του απορρίφθηκαν αργότερα.
Στα τέλη του 2006, ο Κρίστιαν Μπράντο νοσηλεύτηκε μετά από λοίμωξη στους πνεύμονες. Στη συνέχεια διαγνώστηκε με πνευμονία και μεταφέρθηκε στο Ιατρικό Κέντρο UCLA στο Λος Άντζελες της Καλιφόρνια.
Ο Christian Brando πέθανε στις 26 Ιανουαρίου 2008, στο Ιατρικό Κέντρο του UCLA σε ηλικία 49 ετών. Η αιτία θανάτου ήταν πνευμονία και επιπλοκές από ηπατική ανεπάρκεια.
Ο θάνατος του Μπράντο σε ηλικία 49 ετών σηματοδότησε ένα θλιβερό και τραγικό τέλος σε μια ζωή που μπορεί να ήταν γεμάτη με τόσες υποσχέσεις και δυνατότητες. Αντίθετα, ήταν μια ζωή που κόπηκε τραγικά από τον εθισμό και τη βία.