Καθ' όλη τη διάρκεια του μυθιστορήματος, ο Τζιμ και οι φίλοι του, μεταξύ των οποίων ο Δρ. Λίβσεϊ και ο Σκουάιρ Τρέλαουνι, ξεκινούν ένα επικίνδυνο ταξίδι για να βρουν τον θησαυρό ενώπιον του πληρώματος του Σίλβερ. Η σύγκρουση εντείνεται καθώς αντιμετωπίζουν διάφορα εμπόδια, όπως καταιγίδες, ύπουλο έδαφος και αντιπαραθέσεις με τους πειρατές. Η απόλυτη σύγκρουση συμβαίνει όταν οι πειρατές επαναστατούν και προσπαθούν να πάρουν τον έλεγχο του πλοίου, οδηγώντας σε μια κορυφαία μάχη μεταξύ του Τζιμ και των συμμάχων του εναντίον του Σίλβερ και των ανδρών του.
Στον πυρήνα της, η σύγκρουση στο «Νησί των Θησαυρών» οδηγείται από την επιδίωξη του πλούτου και της απληστίας, καθώς και από τον αγώνα για εξουσία και έλεγχο. Τα κίνητρα και οι επιθυμίες των χαρακτήρων τους φέρνουν σε αντίθεση μεταξύ τους, δημιουργώντας σασπένς και ένταση καθώς η ιστορία εξελίσσεται. Επιπλέον, η σύγκρουση αναδεικνύει το θέμα του καλού εναντίον του κακού, καθώς ο Τζιμ και οι φίλοι του αντιπροσωπεύουν την ειλικρίνεια και την πίστη, ενώ ο Σίλβερ και το πλήρωμά του ενσαρκώνουν την απάτη και την προδοσία.