Πέθανε στη θάλασσα το 1677. Ωστόσο, η συγκεκριμένη αιτία του θανάτου του δεν έχει καταγραφεί.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η ζωή ενός φαλαινοθήρου τον 17ο αιώνα ήταν επικίνδυνη και σκληρή. Οι συνήθεις αιτίες θανάτου θα μπορούσαν να περιλαμβάνουν:
* Ατυχήματα στη θάλασσα: Καταιγίδες, ναυάγια, πτώσεις από τον ιστό και συναντήσεις με φάλαινες ήταν όλα κίνδυνοι.
* Ασθένεια: Το σκορβούτο, η δυσεντερία και άλλες ασθένειες ήταν κοινές στα μακρινά ταξίδια.
* Βία: Οι πειρατές και τα αντίπαλα πληρώματα φαλαινοθηρίας θα μπορούσαν να αποτελέσουν απειλές.
Χωρίς πιο συγκεκριμένα ιστορικά αρχεία, μπορούμε μόνο να κάνουμε εικασίες για την ακριβή αιτία του θανάτου του Francis Folger.