1. Συλλέξτε τα επτά Σμαράγδια του Χάους: Αυτά είναι διάσπαρτα σε όλα τα επίπεδα του παιχνιδιού και τα χρειάζεστε όλα για να φτάσετε στην τελική μάχη.
2. Αντιμετωπίστε τη Σκοτεινή Γαία στο τέλος του παιχνιδιού: Αφού συγκεντρώσετε και τα επτά Σμαράγδια του Χάους, θα αντιμετωπίσετε τη Σκοτεινή Γαία στην πραγματική της μορφή, ένα τεράστιο, πολυκέφαλο θηρίο.
3. Χρησιμοποιήστε τη δύναμη του Chaos Emeralds: Θα χρησιμοποιήσετε τη συνδυασμένη δύναμη των Emeralds για να καθαρίσετε τη Dark Gaia. Αυτό περιλαμβάνει τη χρήση της φόρμας "Super Sonic", η οποία ξεκλειδώνεται συλλέγοντας και τα επτά Chaos Emeralds.
4. Εκτελέστε τον καθαρισμό: Ενώ βρίσκεστε σε μορφή Super Sonic, θα εξαπολύσετε μια ισχυρή επίθεση στο Dark Gaia. Αυτή η επίθεση δεν σκοτώνει την Dark Gaia, αλλά την καθαρίζει, αποκαθιστώντας την ισορροπία στον κόσμο και επιστρέφοντάς τον στην αρχική του μορφή.
Η ιστορία του παιχνιδιού επικεντρώνεται στην ιδέα της αποκατάστασης αντί για απροκάλυπτη δολοφονία. Η σκοτεινή Γαία, αν και καταστροφική, είναι τελικά μέρος της ισορροπίας του κόσμου και ο στόχος είναι να επιστρέψει στη θέση που της αξίζει.