1. Η Dialga θα απελευθερώσει τα Time Gears που είχε απορροφήσει, επαναφέροντας τη ροή του χρόνου στο φυσιολογικό.
2. Ο παίκτης και ο συνεργάτης τους θα επιστρέψουν στο Treasure Town.
3. Ο Dialga θα εμφανιστεί και θα εξηγήσει στον παίκτη και τον συνεργάτη τους ότι οι ενέργειές του ήταν απαραίτητες για να αποτραπεί μια μεγαλύτερη καταστροφή. Αποκαλύπτει ότι μια δύναμη γνωστή ως «Σκοτεινή Ύλη» χειραγωγεί το χρόνο και προκαλεί διάφορες παραμορφώσεις και δυσλειτουργίες στον κόσμο.
4. Η Dialga αναθέτει στον παίκτη και τον συνεργάτη τους την αποστολή να σταματήσουν τη Σκοτεινή Ύλη.
5. Μετά από αυτή τη συνομιλία, η ιστορία θα συνεχιστεί με τον παίκτη και τον σύντροφό τους να εξερευνούν μπουντρούμια, να μάχονται με Pokemon και να στρατολογούν νέα μέλη της ομάδας καθώς εργάζονται για να αποκαλύψουν την αλήθεια πίσω από τη Σκοτεινή Ύλη και να σταματήσουν τα άθλια σχέδιά της.